病毒分类 ICTV最新共识声明：重新将病毒分为15大类

作者:华中农业运行蜗牛转载直邮

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4月27日，《自然微生物学》在线发布了国际病毒分类委员会(ICTV)执行委员会(EC)的重共识声明，将现有病毒重新划分为15个不同的等级。(收到时间:2019年10月2日；接受:2020年3月11日；在线发布:2020年4月27日；)
概述:
众所周知，病毒分类学是20世纪中期兴起的一门学科。传统上，病毒分类学家的分类侧重于相对密切相关的病毒的分组。然而，在过去的几年里，国际病毒分类委员会(ICTV)已经认识到，它所开发的分类可以有效地扩展到包括遥远的相关病毒之间的基本进化关系。因此，ICTV改变了它的代码，允许15级分类体系与林奈分类体系紧密一致，并可能适应病毒圈的整体遗传差异。
目前，埃博拉病毒、严重急性呼吸综合征冠状病毒和单纯疱疹病毒ⅰ型三种人类病原体的分类被用来解释扩大等级结构的影响。这种新的病毒分类水平将刺激对病毒起源和进化的进一步研究，反之亦然，并可能促进与细胞分类学的相互作用。
发展
病毒在19世纪晚期被发现是一种可过滤的病原体，可导致动物和植物疾病。最早的分析侧重于病原体的“微观进化”及其进化，但经过几十年的发展，这种原本的“寄生-病原体”模型已经不再适用，更需要解释病毒在宿主调节、自然维持和正常健康组织中的这种“宏观进化”的存在。病毒分类应该提供一个包容但动态的分类框架，而这个框架有很多起源(复数形式)，其多样性不能用单一的病毒圈范围树来表达。
传统的五级病毒分类结构一直沿用到2017年，分为目、科、亚科、属、种。然而，这种分类方法受到了ICTV和许多病毒学家的批评，因为它不能考虑不同病毒之间的进化关系和序列，这种遥远的关系不能通过可信的分类来解决。
随着新病毒的发现，2018年发现了100多个病毒家族，对RNA病毒和DNA病毒的子集应用了超群、超家族等非正式分组。这些亚组与属于不同家族的病毒有关，具有不同的宿主、基因组类型、组织和复制机制。重要的是，这些分组依赖于结构-功能假说(例如，参与病毒复制或病毒形态发生的必需病毒蛋白)。
然后，巴尔的摩引入了非病毒分级分类，根据病毒的基因组类型(双链DNA、单链DNA、双链RNA、有义RNA、负义RNA、反转录RNA、反转录DNA)将病毒分为7类(最初为6类)。而其他依赖于某个保守的关键病毒蛋白或相关的分类较高的病毒的特征，则无法更完美的呈现。
直到2016年，经过详细而冗长的讨论，ICTV终于在2019年确定了正式的15级病毒分类方法，即8大级(一级)“原理或一级”，7衍生级(二级)“衍生或二级”。八个一级包括四个已经使用过的目、科、属、种，增加了四个新的，即领域、王国、门、纲。
七个二级品系除了以前的亚系外，又增加了六个新的衍生品系，分别是亚属、亚目、亚类、亚门、亚王国、亚领域(如图1所示)。新的分类方案继承了18世纪大分类学家卡尔·林奈(Carl Linnaeus)创立的二项式分类体系(界、门、纲、目、科、属、种)，并进行细化和分级，不限于遗传差异。