唐太宗的李世民年事已高，病得很重，他的天才武媚娘就在他身边。这一天，甘露寺一角坍塌，一本《朝廷秘史》失传。唐太宗请武媚娘观看。唐太宗看了，上面写着:唐三世之后，女主王武接管天下。唐太宗看着武媚娘，立刻露出了杀机，但媚娘浑然不觉。其中一个受不了折磨，最后说武媚娘在甘叶寺时与白马寺的小和尚冯小宝通奸。连忙请尼姑签了字，拿到王皇后那里，王皇后便命高阚捉拿，而却上山采药去了。
【太平公主秘史剧情简介 太平公主秘史分集剧情介绍1-45集大结局】武媚娘听到这个消息后，很快给甘叶寺的静园大师写了一封信寻求帮助。这件事上，冯小宝逃出了白马寺却被高侃包围了。在主人的帮助下，冯小宝冲出重围，高侃不得不找人冒充他，唆使他指认武媚娘。
这一天，皇帝举行盛大宴会，将小公主封为太平公主，但萧淑妃首先提议给武媚娘送一份礼物，但礼物却送到了白马寺的小和尚手中。小和尚认出了武媚娘，当她说话时，她与自己通奸。皇帝怒不可遏，下令亲自审问。
皇帝看着手中的玉，忽然想起了先帝的遗诏。他担心武媚娘真的会变成凤龙，夺取大唐的土地。忽空电闪，太监来报甘露寺崩塌。皇帝更担心预言的真实性。皇帝来到王皇后的卧室，告诉她太平公主的事。王皇后写信给孙昌无极商量此事。
在朝廷，奉孙昌无极之命说出公主的胎记是不祥之兆。群臣高呼要废黜吴，把他赶出皇宫。皇帝犹豫不决，拒绝下令。
当女王听说公主的事时，她决定亲自去拜访公主。当她想到武媚娘的谄媚，她暗暗羡慕武媚娘生了好几次龙子。她走的时候故意关上窗户，用被子蒙住鼻子和嘴巴。
皇帝最终决定提议赵废黜吴。武媚娘听说后，急忙去见皇帝，哭着要求回到甘野寺。皇帝回忆起他与武媚娘的爱情，并答应武媚娘带李红和公主回甘叶寺。武媚娘哭着感谢皇帝。
当武媚娘回到她的宫殿时，她发现公主已经不省人事。她推开窗户，迅速叫来医生和皇帝。她发现公主打开窗户通风后醒了。为了伤害女王，武媚娘用自己的手捂住了她的鼻子和嘴。
赵娘吃药回来，看到武媚娘伤害了公主，忍不住大叫起来。武媚娘很快威胁赵娘，说她玩忽职守，被炭火毒死了。赵娘解释说，她走的时候故意在窗户上留了个缺口。武媚娘让赵娘记住皇后想杀公主，赵娘是她的恩人。她不想这么早失去赵娘。
太监向皇帝报告小公主死了，皇帝立刻后悔自己糊涂了。皇帝搬到赵一宫，询问宫女如何照顾公主。王皇后听说公主死了，马上意识到自己受了苦。丫鬟们告诉我，皇后来看公主，关上了窗户。皇帝认定皇后杀了公主，决定废除皇后。
失去公主后，武媚娘感到悲伤，在赵一宫上吊自杀。皇帝听说这件事后，急忙赶到赵一宫。武媚娘趁机要求皇帝为自己和公主报仇。当王皇后听说武媚娘的死真的赢得了皇帝的同情时，她暗暗痛恨武媚娘的恶毒。
武媚娘告诉皇帝，公主是按照皇帝的意愿死去的。现在，只要公主死在武媚娘，皇帝就可以不再担心武王的声明。当皇帝看到武媚娘伤心而急忙安慰时，武媚娘曲解了武王的预言，提醒皇帝去找白马寺的弘毅大师来辨认冯小宝。皇帝真的相信武媚娘的话。
皇帝找到了弘毅大师，弘毅大师认出他不是白马寺的。拷问后，假和尚承认自己是司机，被高侃逮捕，被武媚娘陷害。
昭娘想为夭折的公主最后洗洗身子，可是昭娘知道武媚娘是不会让公主活下来的，她决定偷偷将公主带出宫去抚养长大。昭娘把公主装进食盒里偷偷带出了宫外，武媚娘在伤心之余想再看一眼公主。
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