本病远距离传播，主要是带病的甘蔗种芽传播，在田间传播又是由气流、雨水、昆虫和人在地里工作走动将病原菌传播到其它蔗株的甘蔗芽翼上或土壤里 。 病原菌有的当年萌发使甘蔗侧芽或分蘖发病，有的则休眠到第二年温度适宜时才使蔗株发病 。
甘蔗黑穗病防治办法：拔除：田间一经发现病株，马上拔除；此病以宿根蔗发生为重，需重点巡查清除，烧掉或深埋 。
药剂：防治梢腐病的药剂也兼治黑穗病 。
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