栖息地的破碎化和片断化引起中国大鲵的地理分化和遗传结构变异， 是导致该物种濒临极危的主要原因 。 大鲵栖息地的破坏和丧失非常明显, 以致大鲵的分布区急剧萎缩并形成了片断化的格局, 呈现出大小不等的11 个分布板块 。 科学家大鲵样品的湖南、陕西、河南采集地和Murphy et al (2000) 湖南、陕西、山西、河南与四川的样品采集地都同属于一个大分布区， 而广西和安徽样品采集地却分别属于两个单独的小区域 。 Barber (1999) 认为地理障碍在种系地理学结构的形成过程中可能起到非常重要的作用 。 在空间跨度上, 广西种群离中心的大块分布区较近, 而安徽种群较远, 但都存在地理隔离 。
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