马蹄莲开花授粉之后叶片即由绿逐渐转黄，开始进入休眠，但授粉后的果实和种子并未成熟 。 因此，应经常保持盆土半墒（水大易烂根，失去营养来源；土干则籽瘪），花盆宜放在散光处（光照强则休眠快，无光则籽不熟） 。 授粉后两个月左右穗状果实呈桔黄色，则表明已成熟 。 果实成熟后可采下，置于阴凉通风处进行一段后熟作用 。 当果皮泛褐色时，用手搓去果皮、果肉，取出种子（每果3～4粒），用清水洗净晾干，装入沙袋，放在阴凉通风处备用 。
8月上旬，将种子用70℃温水浸泡，水凉后倒掉；在盆、盘之类容器上盖几层湿布，将种子平铺其上，加盖一层湿布，保持湿润，每两天用水冲洗1次；15天左右即可露芽 。 备好盛有疏松、足墒的播种盆或床，将已露芽的种子播在播种盆或育苗床中，播种深度以土盖过种子即可 。 盖上塑料薄膜，保持较高湿度，置阳光下，这样1个星期左右小苗就会出土，以后按马蹄莲的一般管理方法管理 。
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