五味子种子具有休眠特性 ， 种皮坚硬光滑 ， 皮下具油层不易透水、透气；自然成熟的种子 ， 种胚细小 ， 具后熟特性 。 去果肉的种子寿命较短 ， 一般室温干贮2个月 ， 种子活力降低 ， 通常野生种子的瘪粒率极高 ， 成熟种子颜色常见有两种 ， 一种颜色较深 ， 呈暗红色；成熟度较高 ， 但发芽较慢；另一种呈桔红色 ， 发芽较容易 。
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北五味子一般7月下旬果实进入着色期 ， 果实中糖色素随果实成熟而增加 ， 后期则呈递减趋势 ， 果皮薄 ， 不耐积压 ， 果粒易脱落 ， 所以8月末至9月中旬为果实最佳采收期 ， 此时的果实中各种成份趋于稳定 。
采收后的种子及时用挤籽机进行果肉及种子分离；挤出的果汁是良好的五味子饮料和五味子酒的原材料；种子经机械分离后用清水洗净 ， 漂除瘪粒 ， 放阴凉处晾干 ， 最好控水1―2天后 ， 用消毒的河沙按1：3比例混沙处理；晾干的种子一般12月中下旬浸种 ， 然后混沙 ， 温度控制在0°―5℃之间 。
【种五味子采收与种子处理】北方种子越冬有窖藏 ， 箱藏、冻藏等多种方式 ， 种子低温层积处理时间为80―90天左右 。
五味子种子育种前期注意种子的安全贮藏 ， 防止高温水分过大 ， 注意贮藏间的通风：中期要及时对种子进行低温或层积处理 ， 北五味子种子为深休眠型 ， 并易丧失发芽能力 ， 其休眠的主要原因是胚未分化完全 ， 形态发育不成熟 ， 需要在贮藏过程中8℃―15℃条件下贮藏完成 ， 胚的分化时间一般需30天左右 。 后期需低温贮藏时间一般60天左右 ， 整个过程需80―90天 ， 贮藏后的种子在崔芽前要及时进行变温处理－10℃―15℃之间 ， 连续变温处理3―4次 ， 10℃―12℃之间变温时间要长 ， 一般15天左右 ， 这样种子在20℃―25℃的条件下崔芽 ， 出芽率较高 ， 一般崔芽10天左右 ， 大部分种子裂开 ， 露出胚根 ， 即可播种 。
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