菌蝇产卵于培养料的表面，几天后便孵化成蛆，蛆钻入培养料内破坏菌丝体，后期危害子实体，取食组织 。 菌蝇及其他害虫都要做到以防为主，在培养袋进棚前要作内外喷酒0.2%乐果或0.2%敌杀死处理，以彻底杀死虫体 。
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灵芝采收加工
用小刀从柄中部切下，不使切口破裂，摊晾干燥，或低温烘干 。 如采收孢子粉，则可在培养架子实体下放干净塑料布或光滑干净纸张，用板刷收集，孢子粉经过晾晒，干燥后入塑料袋保存，以供药用 。
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虽然世界上灵芝的产地分布的十分广泛，但是创造一个适宜灵芝生长的环境却并不那么简单，虽然灵芝属于真菌的一种，在种植上和一般的菌类有很大的相似性，但是由于灵芝的特殊性，种植灵芝仍需要特别注意 。
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