1、正确探查内口寻找内口的操作与挂线疗法相同，探得内口后，将探针拉出肛门外，如瘘管弯曲或有分支，探针不能探入内口，则由外口注入1%美蓝色素溶液少许，以确定内口部位，再由外口以有槽探针探查，将管道逐步切开，探查，直至探到内口为止 。 如仔细探查仍不能找到内口，可将疑有病变的肛窦作为内口处理 。
2、切开瘘管并充分切除边缘组织切开瘘管的全部表浅组织，由外口到内口及相应的肛管括约肌纤维 。 瘘管切开后应检查有无支管，如发现也应切开 。 瘘管全部切开后即将腐烂肉芽组织搔刮干净，一般不需要将整个瘘管切除，以免创面过大 。 最后修剪伤口边缘，使伤口呈底小口大的“V”字形，便于伤口深部先行愈合 。
3、肛管括约肌切断，术中应仔细摸清探针位置与肛管直肠环的关系，如探针在肛管直肠环下方进入，虽全部切开瘘管及大部外括约肌及相应内括约肌，由于保存了耻骨直肠肌，不致引起肛门失禁，如探针在肛管直肠环上方进入直肠(如括约肌上肛瘘，括约肌外肛瘘)，则不可做瘘管切开术，应做挂线疗法或挂线分期手术 。 第一期将环下方的瘘管切开或切除，环上方瘘管挂上粗丝浅，并扎紧 。 第二期手术俟大部分外部伤口愈合后，肛管直肠环已有粘连固定，再沿挂线处切开肛管直肠环 。 瘘管切开后，其后壁肉芽组织可用刮匙刮去，一般不必切除，以减少出血和避免损伤后壁的括约肌 。 切除瘘管组织应送病理检查 。
4、伤口处理，术后伤口的处理往往关系到手术的成败，关键在于保持伤口由基底部逐渐向表面愈合 。 每日更换敷料一次，最好在排便后进行，伤口内填充敷料逐渐减少，直到肛管内创口愈合为止 。 每隔数日做直肠指检可以扩张肛管，更可防止桥形粘连，避免假愈合 。
(三) 肛瘘切除术，与切开术不同之处在于将瘘管全部切除直至健康组织 。 本法又适用于管道较纤维化的低位肛瘘 。 方法：先从瘘管外口注入1%美蓝，继用探针从外口轻轻插入，经内口穿出 。 用组织钳夹住外口的皮肤，切开瘘管外口周围的皮肤和皮下组织，再沿探针方向用电刀或剪刀剪除皮肤、皮下组织、染有美蓝的管壁、内口和瘘管周围的所有瘢痕组织，使创口完全敞开 。 仔细止血后，创口内填以碘仿纱条或凡士林纱布 。
(四)肛瘘切除一期缝合，本法始于 Tuttle(1903)，但未能推广，原因可能是，理论上不太充足;手术结果不满意;许多肛肠外科专家反对 。 至1949年，Starr又再次提出此法，并提出一些有效措施，效果较满意，才得以推广 。 本法仅适用于单纯性或复杂性低位直型肛瘘，如触到瘘管呈硬索状，则效果更好 。 手术要点：
①术前肠道要准备，手术前后应用抗生素，手术后大便要控制5～6d 。
②瘘管要全部切除，留下新鲜创面，保证无任何肉芽组织及疤痕组织遗留 。
③皮肤及皮下脂肪不能切除过多，便于伤口缝合 。 因此，高位弯型肛瘘不宜缝合，因其分支较多，常需切除过多的组织才能切净其分支 。
④各层伤口要完全缝合对齐，不留死腔 。
⑤术中严格无菌操作，防止污染，如切破瘘管等 。 综合国内文献报道的肛瘘切除缝合术1064例，一期愈合率为73.4%～97.6%，伤口愈合时间为20～22d，一期愈合较低的多为复杂性高位肛瘘 。
(五)肛瘘切除后植皮，肛瘘切除后，若创面过大、表浅而又无特殊并发症者，可考虑游离植皮 。 手术前后要求同肛瘘切除一期缝合术 。 手术要点：
①创面应平坦，止血要完全 。
②游离植皮区皮肤缝合要完全，并要加压固定包扎，防止创面下存留气体或血液，这是手术成功的重要措施之一 。
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