湿地松较其它松类少病虫害，但在幼苗期间应注意立枯病与猝倒病，前者具体症状表现为幼苗刚出土，苗茎近地面处变水渍状腐烂；后者则是幼苗出土1-2月，茎基开始木质化，幼根受侵腐烂，苗木直立而枯死 。 防治方法一是对苗床先进行消毒，用多菌灵或托布津粉剂撒在苗床上，松土搅拌；二是在芽苗移植后的雨季中，晴天向幼苗喷施1-3%硫酸亚铁液或多菌灵800倍液 。 幼苗期内也要注意地下害虫对幼苗的危害，地下害虫有蝼蛄、小地老虎、大蟋蟀等，防治方法是用呋喃丹在移植前进行中耕翻入土中，在3-5月间向幼苗喷施淡50%敌敌畏1000倍液 。
这里特别要注意的是湿地松2-5年生苗要防治松梢螟的危害，在亚热带地区松梢螟一年可发生3-5代，主要危害湿地松新梢，蛀入枝梢，使主梢弯曲死亡，严重影响其高生长和材质 。 由于松梢螟属蛀干性害虫，生活史又不整齐，苗圃地只有以防为主，采取每年4月初每隔10天喷25%的辛硫磷800倍或50%的敌敌畏1000倍液喷射主干和新梢，待新梢完全木质化；当松林出现有松梢螟危害时，及时剪去发病梢，收集后埋入土中或火烧 。
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