组合贷款是分开还款的，虽然公积金贷款也是银行扣款，但是需要2张还款卡 。一般情况下组合贷款是不能一起还款的，因为这两种贷款方式采用的还款方式不一样，公积金贷款部分能够现在选择采取自由还款的方式，商业贷款部分采取商业银行认可的还款方式 。
根据实际情况，如果您的公积金账户里面的钱比较多，可以办理月冲，则每月还款时首先通过公积金账户户转账偿还，在账户金额不足时再通过你的银行卡扣除;商业贷款也可以按月自动扣除绑定还款账户里面的钱 。
组合贷款的办理需要同时满足商贷和公积金贷款的申请条件，由于组合贷款涉及两个机构，所以办理比较麻烦，放款时间会比较慢 。
组合贷款还款时公积金直接抵扣吗?不是，要想直接从公积金账户里面抵扣，需要办理一个公积金冲还贷业务，这样以后每个月还房贷就优先从公积金里面直接扣，若是公积金额度不够还本月房贷，则再从银行卡里面扣 。
而且公积金冲还贷款一般分两种方法;一次性或逐月，具体公积金视所在地的规章制度 。
一、一次性还款法：是指每年一次向受托行提取住房公积金账户余额，一次性冲还贷款本金，并按照冲还贷后的剩余贷款本金和还款期限重新计算月还款额 。
【组合贷款还款是分开还款吗】二、逐月还款法：是指每月直接从委托人公积金账户中提取用于归还当月贷款本息的办法 。提取的公积金金额不足时，委托人应及时补足其还款金额 。
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