对于多数乙肝“小三阳”患者来说，HBV几乎无复制，传染性也很弱，肝功能正常，病情相对平稳 。但临床上的确有少数“小三阳”患者会出现反复的肝功能异常 。常有以下几种原因：
（1）感染的HBV发生了前C区变异 。患者血清HBeAg阴性，但体内存在HBVDNA的复制，病情仍可不断进展 。常有持续性或间歇性的血清转氨酶升高，干扰素的疗效往往不理想 。我国《慢性乙肝防治指南》已将此种情况明确称为HBeAg阴性慢性乙型肝炎 。
（2）重叠感染了其他肝炎病毒，如甲肝病毒（HAV）、丙肝病毒（HCV）、丁肝病毒（HDV）、戊肝病毒（HEV）等 。可通过检测这些病毒的血清学指标来明确 。
（3）HBV感染后的自身免疫性肝炎 。感染HBV后，病毒改变了肝细胞膜的一些成分，使人体的免疫系统对自身的肝细胞发动了攻击，造成了肝损伤 。多见于女性，可通过检测自身抗体来确诊 。
（4）其他原因，如长期饮酒，同时存在酒精性肝炎；脂肪肝；其他影响肝脏的疾病；长期使用一些具有肝脏毒性的药物等 。
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