目前的研究提示，导致隐匿性HBV感染有下列多种可能的原因：
（1）HBV基因变异：HBVDNA的变异，尤其是S区及前S区变异可影响HBV蛋白表达而导致HBsAg阴性 。
（2）HBV病毒低水平复制，抗原表达量低：隐匿性HBV感染血清中HBVDNA的水平较低，临床常规酶免疫测定试剂灵敏度不能检测出，是临床诊断隐匿性HBV感染的主要原因 。
（3）HBV整合到宿主染色体中：不论在急性和慢性HBV感染，HBVDNA都能整合到肝细胞染色体DNA中，HBVDNA的整合可导致病毒DNA序列重排，进而影响HBsAg表达 。
（4）宿主免疫应答异常：有力的细胞免疫介导的免疫应答是终止HBV持续感染的主要机制，但在机体免疫功能低下或免疫耐受状态下，可能无法清除低水平的病毒而出现隐匿性HBV感染 。
（5）受其他病毒感染的干扰：HBV与其他嗜肝性病毒重叠感染时，可相互干扰导致HBV复制受限制而呈低水平 。
（6）国产试剂的灵敏度和质量问题：在我国HBV血清学标志检测试剂的灵敏度可能是诊断隐匿性HBV感染的原因之一 。
在我国的《慢性乙肝防治指南》中，按照循证医学的原则，暂给出了１条解释，即S基因变异可导致隐匿性HBV感染 。
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