GenBank 教程∣SiRNA设计从入门到精通，教会您如何筛选有效靶点！

RNAi(RNA干扰)是双链RNA高效特异诱导同源RNA降解的现象。使用siRNA进行基因沉默因其操作方便而受到研究者的欢迎，并且它也已经成为分子生物学应用中最常用的基因下调工具。
然而，设计siRNA的第一步是选择siRNA目标。你知道目标设计中所有的注意点吗，比如同源区域设计，blast比较？
今天，吉凯基因致力于SiRNA设计的教学，一步步教你设计siRNA！(如需视频连接，请联系我们。)
SiRNA的设计原则
1.选择目标序列
序列特点：19~21个碱基GC含量适中：35%-55%避免出现超过4个连续的A或T尽量设计在CDS区序列位置分布均匀2.分析目标特异性
默认针对同源区设计与非目的基因连续匹配的碱基数不超过15bp

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RNAi作用机制
SiRNA设计方法
1.美国国家生物技术信息中心
从NCBI获得关键信息:基因标识，基因库标识，转录本之间的同源性。
在NCBI主页的基因界面输入“基因名称”和“物种”，搜索相应的基因。
基因界面显示多种信息:

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下拉到“基因组区域、反式和产物”，可以看到Genbank ID的转录物信息(共15个转录物)，对应于序列，可以在核酸界面查询。Genbank ID的命名规则如下:
NM,XM--编码类型转录本（NM为认证的，XM属于预测的）；NC,NG,AC等—基因组类型；NR,XR—非编码转录本（NR表示认证的，XR表示预测的）；AK、AF等命名—看注释，大部分为文章的作者提交的序列。

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对应于基因库编号的水平线表示前体核糖核酸的垂直正方形表示外显子的轻正方形表示UTR
暗方块表示编码区域中每个基因库标识的公共方块是同源区域
选择转录较短、同源外显子数量最多的转录本作为设计靶，其位于同源区的概率较高(例如TP53基因NM_001276697和NM_001126115，它们只是外显子1序列在非同源区的一部分)。
2.Invitrogen RNAi设计师设计
【GenBank 教程∣SiRNA设计从入门到精通，教会您如何筛选有效靶点！】打开Invitrogen网站，选择“siRNA”，在步骤1输入Genbank ID或核酸序列，在步骤2输入默认编码区；选择无爆炸；在步骤3中；步骤4 GC内容默认；Step5位数设计原理，默认可以使用。点击“RNAi设计”。