GenBank 教程∣SiRNA设计从入门到精通，教会您如何筛选有效靶点！( 二 )

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“必需的”是指靶向对应的转录本(如果两者都是必需的，那么它是针对同源区域的)
“许可”是指相应的抄本可能是也可能不是目标
“排除”作为目标不针对相应的转录本(可以满足针对不同转录本设计特定目标的需要)
步骤2-4的参数与Invitrogen的参数相同，根据要求选择:

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点击“设计siRNA”。从高到低打分，根据Access的Genbank ID在对应位置搜索序列(网站设计默认目标为19bp)。快速序列搜索见视频snapgene。

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BLAST对齐
每个设计网站blast使用的底层数据库是不同的(NCBI数据总是更新的，不同时期存在不同的数据版本，网站blast数据库不一定实时更新)，导致不同的blast结果。因此，在设计中，我们放弃了网站本身的blast选项，直接将目标与NBCI-blast进行对比。打开BLAST网站:

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填写核酸序列，选择比对数据库，点击“blast”。人和老鼠都有快速的选择。如果是其他物种，点击“其他”，默认为“nr/nt”，输入指定的物种。下面给出了三种说明:
挪威鼠(滑行编号:10116)
房屋鼠标(taxid:10090)
智人(taxi id:9606)

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在结果界面，Max Score列值除以2表示匹配的碱基数；TP53基因的15个转录本全部完全匹配，所以目标位于同源区；其次，不完全靶的Max Score为30.2，即实际上与SIPA1L2结合了15个碱基，有4个错配，符合特异性原理，这个靶的blast结果还可以。
以上是目标设计和对比的过程。这种方法也适用于非编码RNA。选择多个网站设计的共同目标，设计2~3个目标进行验证，更有利于筛选有效目标。你学过今天的目标设计吗？！
SiRNA设计和使用的网站和网址(可点击链接)
NCBI基因查询
NCBI核酸序列查询
Invitrogen网站
通用电气法界
NCBI爆炸
Snapgene软件下载
陈建儒，吉凯基因工具病毒产品售前技术专家；从事载体构建5年以上，熟悉各种核酸数据库及核酸相关分子设计和预测；我在基因操作软件和网站上录制了很多课程，被用户一致评价为“极其实用易学”！
接下来，陈先生接下来的课程将与您见面。如果对课程感兴趣，想进一步交流，请加个微信号(13162396225)得到陈老师的1V1指导~ ~
1.怎么找到基因序列？
2.怎么设计引物？
3.RNAi/CRISPR靶怎么设计？
4.如何预测miRNA靶基因/miRNA结合位点？
5.如何预测转录激活因子的结合位点？
非编码RNA是国家自然科学基金的研究热点，吉凯基因将于6月27日(周四)15:30直播，这次千万不要错过！
非编码RNA:国家自然科学基金的研究热点
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