然而，从宋朝开始，许多人包括朱熹、吴棫等，都对于梅献《伪孔传尚书》的真实性开始怀疑，吴棫认为伏生的《尚书》诘屈聱牙，而《伪孔传尚书》多出的二十五篇《晚书》却简单易懂 。 朱熹曾说“孔壁所出《尚书》如《禹谟》……等篇皆平易，伏生所传皆难读，如何伏生偏记得难底，至于易底全不记得？此不可晓” 。
清代阎若璩以三十年光阴写成《尚书古文疏证》八卷，用“以虚证实，以实证虚”的考证方法，列举一百二十八条证据，认定梅献《伪孔传尚书》所多出的二十五篇，都是后世魏晋时代所伪作，其余三十三篇（《伪孔传尚书》将原伏生《今文尚书》部分的二十九篇，拆为三十三篇）则真伪杂糅，从此，通行本《尚书》中有二十五篇为伪书的说法，遂成定论，通称为“伪古文尚书说” 。 同时代的毛奇龄写了《古文尚书冤词》反驳阎若璩的说法，“百计相轧，终不能以强词夺正理”，然阎说仍被大多数学者接受，故今日称这一本子为“伪孔传尚书”或“伪古文尚书” 。 但究竟是不是伪书，如果是伪造，作伪者是谁，至今仍是千古之谜[15] 。 现代一般刊行的《尚书》，多将《伪孔传尚书》中多出的25篇剔除，只留下33篇篇目与《今文尚书》一致者 。
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